O milho constitui o principal cereal cultivado no Brasil, com uma área plantada de 17.347 mil hectares e uma produção de 93,8 milhões de toneladas na safra 2017/2018. A cultura passou por diversas modificações nas duas últimas décadas, especialmente o cultivo de duas safras por ano, ocasionando a sobreposição de ciclos, e a adoção de novos cultivares transgênicos Bt. Ao longo dos anos, isso criou um novo ambiente para a cultura e favoreceu o surgimento de novos problemas com pragas e doenças. Um dos principais problemas enfrentados pelos produtores nas últimas safras foi a ocorrência de danos relacionados à infecção viral, mais provavelmente causados por complexos virais. O motivo principal que levou à elaboração desta proposta foi o recente surto epidêmico de sintomas atribuídos a viroses e molicutes em importantes regiões produtoras de milho, principalmente no norte e noroeste do estado de São Paulo, oeste da Bahia, sudoeste de Goiás e noroeste de Minas Gerais. Este projeto propõe o levantamento, identificação e sequenciamento por NGS das espécies e estirpes constituintes do viroma incidente na cultura do milho, atualmente, com foco no estado de São Paulo. No caso do envolvimento de novos vírus, será feita a caracterização molecular e biológica, incluindo testes de transmissão por potenciais insetos vetores, além do desenvolvimento e aperfeiçoamento do diagnóstico baseado nos dados do genoma desses microrganismos. A identificação e diagnóstico precisos das espécies de vírus incidentes no campo consistem numa demanda imediata por parte dos produtores e constituem uma etapa primária e essencial para o desenvolvimento de cultivares resistentes a esses patógenos. Ao mesmo tempo, essas são informações vitais em estudos epidemiológicos e planejamento de outras estratégias de controle.